精品推薦|RNA文庫建的好,輕松完成轉錄組測序分析不是夢

來源: 上海翊圣生物科技有限公司   2020-4-3   訪問量:2645評論(0)

精品推薦|RNA文庫建的好,輕松完成轉錄組測序分析不是夢

常規轉錄組測序RNA-Seq主要是在轉錄水平上對逆轉錄的cDNA進行NGS測序,這樣可以全面快速地獲取某一物種在某一狀態下的幾乎所有轉錄本,包括mRNA和非編碼RNA。目前轉錄組測序主流的方法是芯片法和RNA-Seq。

RNA-Seq相較于芯片法優勢明顯,

不受物種限制

通量高

靈敏度高

分辨率高

同時能夠檢測未知基因,發現新的轉錄本并準確地識別可變剪切位點及SNP、UTR區域等。

此次新冠疫情全球爆發,溯源工作主要是依靠這種方法。

1 常規RNA-Seq建庫流程

精品推薦

mRNA建庫試劑盒適用Illumina平臺&MGI平臺

樣本適用范圍廣:耐高溫,適合復雜模板mRNA建庫;

片段化可控: 片段大小均可選擇合適的打斷條件;

文庫質量優異:多樣本類型測試,結果均能滿足不同客戶需求;

測序質量優異: rRNA 殘留更低,有效數據占比更多。

2. RNA-Seq雙平臺建庫精品

產品特色

 

 

 

 

 

2. RNA-Seq雙平臺建庫精品

 

產品特色

特色1. 精簡建庫流程

RNA-Seq建庫流程將常規的二鏈cDNA合成、末端修復和接頭連接合并為一步,建庫流程更精簡,節約時1.5 h左右,滿足快速建庫需求。

 


 

 


3 .常規建庫流程

4.12300、13331建庫流程

特色2. 耐高溫的第四代逆轉錄酶

采用耐高溫的第四代逆轉錄酶,溫度的耐受性高達60℃,有利于RNA模板二級結構的打開,更利于逆轉錄的進行。同時去除RNase H活性,大大避免了逆轉錄過程中RNase HRNA-DNA雜交分子RNA降解,提升反轉錄效率。

5 .YEASEN第四代逆轉錄酶與常規MMLV逆轉錄酶優勢對比

特色3.優異的測序數據


鏈特異性文庫測序有超過98.5%Reads比對到正義鏈。同時鏈特異性文庫的 Ambiguity reads更少,基因表達定量更準確。

 

6 .鏈特異性建庫測序質量分析

案例分析

 

樣本信息human、Rat、Watermelon

試劑盒MaxUpDual-mode mRNA建庫試劑盒(12300

測序類型NovaSeq (PE 150)

測序數據:如下表

測序結果分析MaxUpDual-mode mRNA試劑盒測序數據質量優異,有效數據占比高。

1. 轉錄組測序數據展示

human

rat

watermelon

Total reads

27002948

46433810

32042644

Mapped reads

26591411(98.48)

45579533(98.16)

31555907(98.48)

mapped(non-unique)

785559(2.91)

2574310(5.54)

693893(2.17)

mapped(unique)

25805852(95.57)

43005223(92.62)

30862014(96.32)

Read-1

12931060(47.89)

21560058(46.43)

15464666(48.26)

Read-2

12874792(47.68)

21445165(46.18)

15397348(48.05)

Reads map to'+'

12889843(47.73)

21487890(46.28)

15422784(48.13)

Reads map to'-'

12916009(47.83)

21517333(46.34)

15439230(48.18)

Non-splice reads

17278055(63.99)

29192112(62.87)

18829168(58.76)

Splice reads

8527797(31.58)

13813111(29.75)

12032846(37.55)

Reads mapped in proper pairs

25055676(92.78)

41732426(89.88)

29825204(93.08)

關于產品

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

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Illumina平臺

RNA建庫

Hieff NGS® MaxUp II Dual-mode mRNA Library Prep Kit for Illumina® MaxUp II 雙模式mRNA 建庫試劑盒

12300ES08/16/96

8/16/96 T

3872/9872/33872

2517/6417/22017

華大MGI平臺

RNA建庫

Hieff NGS® MaxUp II Dual-mode mRNA Library Prep Kit for MGI® MaxUp II 雙模式mRNA建庫試劑盒

13331ES16/96

16/96 T

8752/36852

5689/23954

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